L'organo fondamentale della diffusione delle specie fungine è la spora, le cui dimensioni sono microscopiche.
Dapprima, al momento della germinazione, la spora emette un esile filamento, la prima ifa, che rapidamente si allunga e si ramifica fino a formare un esteso micelio, detto micelio primario.
Le cellule di tale micelio contengono ciascuna un singolo nucleo e possiedono una sessualità ben definita, cioè sono "maschili" o "femminili": per praticità, si dice che sono positive (+) o negative (-).
I miceli primari, quando casualmente si incontrano, si fondono insieme e nel punto di fusione delle due ife, generano una cellula più complessa, non più mononucleata ma binucleata: si origina così il micelio secondario, che costituirà il vero e proprio micelio fertile, in grado di fruttificare, cioè di generare nuovi funghi.
La nuova ifa binucleata prende subito il sopravvento sui miceli primari che l'hanno generata che, a questo punto, degenerano e scompaiono: la loro funzione è terminata.
Nei Basidiomiceti, i miceli primari, se al più presto non si accoppiano, muoiono e spariscono, perché hanno sopravvivenza limitata.

 

 

Il contrario avviene negli Ascomiceti, dove i miceli primari partecipano attivamente a tutto il ciclo produttivo, fino alla fruttificazione: infatti, in questo caso, i miceli primari si accoppiano direttamente sugli abbozzi del corpo fruttifero, mentre il micelio secondario è presente soltanto nella parte imeniale del fungo. Questo processo non è presente nei Basidiomiceti che sono totalmente formati da micelio secondario.
Nel basidio si formano normalmente 4 spore (2 negative e 2 positive) che maturando si portano sulla sommità dello stesso, sorrette da un breve pedicello chiamato sterigma.
Completata la maturazione, ogni spora non si stacca passivamente, ma in genere viene lanciata a notevole distanza dallo sterigma stesso, come una specie di catapulta. Le basidiospore, cadendo su un substrato favorevole, germinano e chiudono così il ciclo riproduttivo.
Negli Ascomiceti le spore sono invece contenute in una specie di sacco e sono normalmente 8 (4 positive e 4 negative): vengono liberate dall'asco per l'apertura di un opercolo o piccolo coperchio sommitale.
Le ascospore non vengono rilasciate casualmente, ma soltanto una volta raggiunta la maturità: solo allora vengono letteralmente sparate fuori dall'asco. Negli aschi privi di opercolo, invece, la sommità dell'asco si assottiglia sempre di più per stiramento delle pareti e per ingrossamento delle spore, fino a provocarne l'esplosione e, quindi, la liberazione delle spore.